Après le massacre de Muttur et en réponse aux nombreuses pressions de la communauté internationale en faveur d’un mécanisme de surveillance des droits de l’Homme au Sri Lanka, le président Mahinda Rajapksa a créé une commission d’enquête. Le 6 octobre 2006, le président nomme la Commission d’enquête présidentielle chargée d’examiner 15 cas de violations sérieuses des droits de l’Homme (un cas sera rajouté ultérieurement ce qui portera le mandat à 16), dont le meurtre des 17 employés d’ACF. La Commission présidentielle a reçu pour mandat de faire des recommandations au Président sur les faits et les circonstances liés aux incidents, y compris les personnes responsables et les décisions devant être prises à leur encontre, ainsi que les mesures à prendre pour empêcher que de tels incidents se reproduisent. Toutefois, la Commission présidentielle n’a pas le pouvoir de rendre des décisions contraignantes.
Cette Commission présidentielle est composée de 8 membres sri lankais dont le travail est observé par un groupe international d’experts (International Independent Group of Eminent Persons - IIGEP) de 11 membres. Ces deux organes ont deux mandats bien différents : le groupe d’experts a été créé pour observer l’enquête menée par la Commission, ainsi que de la conseiller afin qu’elle respecte les normes et standards internationaux dans ses investigations. Du fait du simple rôle d’observateur octroyé aux membres de l’IIGEP, cette formation mixte n’a pas fourni une plus grande efficacité dans son travail que les autres procédures. Après un an de travail, les membres de l’IIGEP ont décidé de clore leur mission d’observation le 31 mars 2008 et de se retirer à la fin du moi d’avril considérant que leurs conseils, rendus dans des rapports trimestriels, n’étaient pas pris en compte, que les normes internationales n’étaient pas respectées et critiquant l’absence de volonté de la part du gouvernement.
L’insatisfaction continuelle des membres de l’IIGEP vis-à-vis du respect des standards internationaux, en plus de l’observation par ACF d’un grand nombre d’irrégularités dans le processus, amènent l’organisation à penser que ces trop nombreux problèmes ne permettent pas l’identification des responsables du massacre.
L’intrusion du procureur général(6) dans la procédure devant la Commission présidentielle a affecté l’indépendance de l’institution. En effet, la Commission a créé un véritable conflit d’intérêt en donnant comme mandat aux représentants du procureur général de guider l’enquête sur des événements qui aurait pu être commis par des acteurs étatiques ainsi que sur leurs propres interventions et conseils auprès des services de police lors des enquêtes initiales. Ce rôle, donné aux représentants du procureur, jette donc de sérieux doutes sur la neutralité de la Commission, et par conséquent sur son indépendance. De plus, malgré les nombreuses critiques émises à ce sujet par le groupe d’observateurs internationaux, la commission n’a pas rectifié son comportement.
La division de la procédure en deux phases distinctes a directement gêné la transparence du processus. La première phase d’enquête qui n’a commencé qu’en mai et s’est terminée en octobre 2007, a consisté principalement en l’audition de témoins secondaires. Malheureusement, la Commission a décidé très vite que cette première phase d’enquête serait menée à huis-clos. Par conséquent l’accès à cette partie de la procédure a été refusé aux représentants d’ACF, aux familles des victimes ainsi qu’à leurs avocats. La Commission d’enquête présidentielle a ainsi bafoué ce principe de transparence et réduit la confiance du public dans l’institution et dans la procédure.
Au début du mois de mars 2008, la deuxième phase de la procédure, c'est-à-dire les audiences publiques, a commencé. En l’absence d’un système de protection efficace des témoins et à la vue des circonstances, l’apport de témoignages ainsi que la désignation officielle des personnes criminellement responsables de ce crime de guerre (commettants directs et chaine de commandement) est quasi-improbable.
Contrairement à la Magistrate Court, la Commission d’enquête a reçu clairement la responsabilité de trouver une solution pour remédier à l’absence de système de protection des témoins. Malgré ses promesses, la Commission n’a jamais proposé un programme de protection efficace. Des témoins ont été convoqués sans offre d’assistance, alors que des mesures de protection concrètes étaient une nécessité absolue afin de recueillir des témoignages cruciaux.
Tout au long de la procédure, l’IIGEP a respecté son mandat en publiant des rapports trimestriels rappelant les défaillances de la Commission à appliquer les normes et standards internationaux durant l’enquête. La plupart des conseils essentiels ont été ignorés par la Commission, soulevant la question de l’utilité de l’IIGEP dans le processus, au-delà d’une mesure de simple faire-valoir.
Depuis que le groupe d’observateurs internationaux a décidé de se retirer de la Commission d’enquête présidentielle, la défaillance de ce recours est désormais évidente. Avec le départ de l’IIGEP, ACF a perdu confiance en cette Commission. L’organisation ne croit plus en sa capacité et volonté à respecter l’ensemble des standards internationaux. Par conséquent, ACF estime que la Commission n’est plus en mesure de conclure ses procédures ni d’identifier formellement l’ensemble des auteurs du massacre de Muttur, ni de formuler des recommandations visant au déclenchement de poursuites pénales.
Le 1er avril 2008, le University Teachers for Human Rights de Jaffna (située dans la partie Tamoul de l’île), a publié un rapport d’enquête sur l’affaire de Muttur. Selon la thèse défendue par le UTHR, le massacre de Muttur serait lié aux meurtres de 5 étudiants à Trincomalee qui a eut lieu quelques mois plus tôt.
ACF a lu avec attention ce rapport qui délivre avec une grande précision les faits, les présumés responsables et les mobiles du massacre de Muttur. ACF est troublée par le niveau de détails délivré par ce rapport, comparé à l’avancement des procédures d’enquêtes officielles. ACF prend donc acte du contenu du rapport émis par le UTHR mais la priorité absolue de l’organisation est d’aboutir à une condamnation judiciaire des responsables du meurtre de ses collaborateurs.